Для гарантии качества продукции в «Аквариусе» с 1998 года внедрена и успешно функционирует Система Менеджмента Качества, соответствующая международным стандартам ИСО серии 9001.
Сертификат соответствия удостоверяет, что система менеджмента качества, распространяющаяся на проектирование, производство и поставку средств электронно-вычислительной техники соответствует требованиям ГОСТ ISO 9001-2011 (ISO 9001:2008) (Сертификация в 1998, 2001, 2005, 2008, 2011, 2014 г.).
Также с 2009 года компания раз в три года подтверждает соответствие действующей Системы Менеджмента Качества требованиям ГОСТ РВ 0015-002-2012 в Системе добровольной сертифтикации «Военный регистр».
Все собираемое на заводе оборудование имеет полный комплект обязательных государственных сертификатов. При необходимости выполняются специальные исследования и спецпроверки, а также спецприемка поставляемой техники.

В течение многих лет «Аквариус» является крупнейшим поставщиком государственных структур, для которых важны не только технические характеристики оборудования, но информационная безопасность и отсутствие «недекларированных возможностей», что можно обеспечить только в условиях российского производства.
Инжиниринговая база завода позволяет производить, тестировать и поставлять заказчику готовые программно-аппаратные комплексы под его задачи, добавляя оборудование и ПО других вендоров, в том числе сертифицированные средства защиты информации.
Для самых требовательных заказчиков осуществляются спецпроверки и специсследования техники в специально оборудованной лаборатории на территории завода.

С момента основания «Аквариус» сотрудничает с крупнейшими международными ИТ-компаниями, перенимает опыт, компетенции и технологии производства лидеров мировой ИТ-индустрии.
В разное время на заводе выпускалась продукция Cisco, ASUS, Fujitsu Siemens Computers, ЕМС, HP и других ведущих ИТ-брендов. Для этого сотрудники «Аквариуса» проходили специальное обучение, а производственные процессы – аудит на соответствие международным стандартам качества.
Производство по ОЕМ-модели позволяет заводу выпускать ИТ-продукцию, используя технологии и компоненты, предоставленные ОЕМ-партнерами. Локализованная продукция полностью идентична по функциональности и совместимости продукции зарубежных производителей, сертифицирована по российским стандартам и обеспечивается локальной техподдержкой на всей территории России. Таким образом «Аквариус» обеспечивает трансфер новейших мировых технологий в Россию для развития отечественной ИТ-отрасли и импортозамещения.